공룡 연구를 위해 타임머신을 타고 과거로 떠난 뒤 사라진친구를 구하기 위해 용감한 인턴 요원 `우디`가 출동한다. 최강 초식 공룡 스테고사우루스부터 무시무시한 지배자 데이노니쿠스, 공룡의 제왕 티렉스까지 모인 그곳! 신세계를 발견한 기쁨도 잠시, 뜻밖의 위기에 빠진 `우디`는 꼬마 공룡 `샤샤`의 도움으로 무사히 탈출하며 둘은 친구가 된다. 한편, 초식동물 마을을 탐내는 포악한 공룡 `디에고`의 등장으로 모험을 떠난 `우디`와 `샤샤`는 위험천만한 상황에 맞닥뜨리는데.. 과연, 두 친구는 위기에 처한 공룡 마을을 지켜내고 `우디`는 무사히 현재로 돌아올 수 있을까?